3. Sezon Özeti

Dan, Lucas tarafından yangından kurtarılır. Vücudunda çok ciddi olmayan yanıklar vardır. Ancak yangının bir kundaklama olduğuna emin olmasına rağmen olay anını bir türlü hatırlayamaz. Kendisini kurtaran Lucas'ı yangını başlatan kişi olarak görür. Kimin bu yangını çıkarttığını öğrenmek için planlar kurmaya başlar. Brooke tüm yaz boyunca erkeklerle birlikte gönül eğlendirir. Tree Hill'e dönüşte de Lucas ile benzer bir yakınlaşma içine girer, gönülden bir bağ olmayan, sadece cinsel unsurların ön planda olduğu bir yakınlaşma... Lucas'ın kalp problemi gittikçe ciddi boyuta ulaşmaya başlamıştır, ve Dan ile arası kötü olduğundan tedavisi için gerekli ilaçları da alamamaktadır. Haley, yangın gecesi Tree Hill'e dönmüştür, ancak Nathan artık onun yanında olmasını istemez. Annesi Deb'in yanında kalmaktadır, ve eski evlerini de artık Brooke kiralamıştır. Brooke ile yaşamaya başlar, eskiden olduğu gibi Karen'ın kafesinde garson olarak çalışmaya devam eder. Peyton ise biyolojik annesinin ortaya çıkmasının verdiği zor duruma kendini alıştırmaya çalışmaktadır.
Dan, okul aile birliğini ikna ederek Koç Durham'ı görevden aldırmaya ve yerine geçmeye çalışır. Ancak aynı zamanda belediye başkanı olan Mullins'in karşı çıkmasıyla bu oylamayı kaybeder. Bunun üzerine Mullins'i takip eder ve onu birkaç fahişe ile bir otel odasında yakalar. Olayı videoya kaydederek ona şantaj yapar ve görevi bırakmasını sağlayarak, yaklaşan seçimlerde Tree Hill Belediye Başkanlığına aday olur. Aynı zamanda da Deb üzerinde ciddi anlamda yıpratıcı oyunlar oynamakta ve onu psikolojik olarak rahatsız etmeye çalışmaktadır. Deb dayanamaz ve bir kliniğe yatar, çıkar.
Karen da basketbol sezonunun açılışında Dan'in yaptığı propagandaya karşılık belediye başkanlığına aday olur ve ikili arasında gerginlik had safhaya çıkar. Belediye Başkanlığı seçimini büyük paralar yatıran Dan kazanır. Bunlar olurken Keith de Tree Hill'e dönmüştür ve bir şekilde yine Karen ile görüşmeye başlarlar, bu seferki ilişki biraz daha ciddidir ve Karen'la ilk kez ilişkiye girerler. Bunun sonucunda Karen hamile kalır, ve Keith'e evlenme teklif eder. İkili evlenmeye karar verirler. Ancak Dan, yangını çıkaranın Keith olduğuna emindir, ve içten içe ondan intikam almaya yeminlidir.
Okulun ponpon kız seçimleri yapılırken okula yeni gelen Rachel, Brooke ile ciddi bir rekabet içine girer. Rachel, hem Lucas'a kur yaparak, hem de ponpon takımındaki etkisini artırmaya başlamıştır. Lucas her ne kadar Brooke ile beraber olsa da kalbi Peyton'dadır. Peyton, biyolojik annesi Ellie Harp'ın göğüs kanseri olduğunu öğrendiğinde onu tanımak ister. Ancak Ellie ölür. Peyton iki annesini de kaybetmenin üzüntüsü ile, zaten sürekli yanlız kaldığını düşündüğü için kötü bir ruh halinde iken daha da depresif hale gelir.
Geçen sene doldurulan ve 50 sene boyunca açılmaması gereken zaman kapsülü, Rachel tarafından çalınır ve okulda yayınlanmaya başlar. Bunun çok kötü getirileri olur. Nathan, Haley'den nefret ettiğini, Lucas Dan'i içten çökertmeye çalıştığını söylediği için, Brooke da göğüslerini gösterdiği için okulda infial yaratır. Jimmy'nin yaptığı itiraflar ve herkesi kötüleyerek konuşmaları yüzünden duyduğu ızdırap nedeniyle intihar etmek ister. Okula silah getirir ve bazı öğrencileri rehin alır. Bu olay sırasında Peyton, bacağından vurulur ve Lucas tarafından kütüphaneye götürülür. Orada bulunan Keith okula girer ve Jimmy'i silahını bırakması için ikna etmeye çalışır. Ancak Jimmy intihar eder. O sırada okula giren Dan, silahı alarak Keith'i vurur ve öldürür. Bu olay dışarıya Jimmy'nin Keith'i vurduğu ve intihar ettiği şeklinde yansır. Böylece hem Dan, Keith'den intikamını almıştır, hem de Jimmy katil olarak anılmaya başlamıştır.
Brooke ile Lucas'ın arası, Lucas'ın Peyton'ı vurulduğu sırada kütüphanede onu öptüğünü Brooke'a itiraf etmesiyle Brooke soğuk bir duş yaşar. Bu durum Peyton ile Brooke'un arasını bozar. Peyton, Savannah'a Jake'in yanına gider, ancak Jake onun Lucas'ı sevdiğini anlar ve onu istemez. Peyton bir hayal kırıklığı daha yaşar. Artık o da Lucas'ı sevdiğine emindir, ancak bunu platonik olarak yaşamaya başlar.
Rachel, zaman kapsülünü çaldığı için suçluluk duyduğundan herkesi ailesinin kır evine bir haftasonu tatili için davet eder. Burada Nathan, Haley'e yeniden evlenme teklif eder. İkili bu sefer herkesin katılacağı bir tören düzenlemek için Tree Hill'e dönerler. Rachel, Nathan'ın dayısı Cooper ile birlikte olmaya başlar, ancak Cooper'ın Rachel'ın yaşından haberi yoktur. Bu ortaya çıkınca Rachel'dan uzaklaşır, ancak Rachel onu takıntı yapmıştır.
Düğün esnasında Dan ile Deb arasında, Peyton ile Brooke arasında ve Rachel ile Cooper arasında soğuk rüzgarlar esmektedir. Tüm bunlar yaşanırken Brooke ile Lucas'ın arası da bozulur. Ortada Karen'dan başka bir hamilelik testi daha yapan vardır. Ancak kimin olduğu belli değildir. Düğün sırasında limuzini kaçıran Rachel'ı durdurmak için arabaya atlayan Cooper ile Rachel arasında arabada kavga çıkar. Bu sırada yeni evli Nathan ve Haley balayı için İngiltere'ye gideceklerdir, Lucas'ın arabasıyla havalimanına doğru yola çıkarlar. Rachel hamile olduğunu söyler, ancak Cooper inanmaz. Rachel direksiyona hamle yapar ve Cooper kontrolü kaybeder. Köprüde karşılaşan iki araba birbirine çarpacakken limuzin nehre uçar. Nathan, Cooper ve Rachel'ı kurtarmak için suya atlar. Ancak üçü de su yüzüne çıkamaz.