Kazadan Rachel hafif yaralarla kurtulurken Cooper yoğun bakıma alınır. Rachel herkesin hedefindedir. Dan hastaneye gelir ve Deb ona yangını çıkaranın kendisi olduğunu itiraf eder. Dan, Deb'e hayatını zehir edeceğine dair söz verir, ancak Keith'i öldürdüğü için vicdan azabı çekmektedir, halüsinasyonlar görmeye başlar. Lucas ile Peyton arasında yakınlaşma başlar. Ancak Lucas beynen Brooke'u istemektedir. bir yandan da kalbinin Peyton'a gittiğinin farkındadır. Bu sırada Ellie, Peyton'a bıraktığı plakların arasına Derek adında bir erkek kardeşi olduğuna dair not yazmıştır. Peyton, Derek ile önce iletişime girmeye korkar. Sonra arar, ancak terslenir. İnternette podcast yayınına başlar ve içindekilerini oraya döker. Derek olduğunu söyleyen bir kişi, Tree Hill'e gelir ve Peyton'la görüşmeye başlar.
Cooper'ın iyileştikten sonra şehri terketmesiyle onu kaybeden Rachel, Nathan'a göz koyar ve bu durum Haley'nin çıldırmasına yol açar. İkili sürekli karşı karşıya gelir. Lucas, Brooke'un peşindedir, ancak Brooke artık Lucas'ı istememektedir. En sonunda bir ev partisinde kendisinden artık vazgeçtiğini belirtir. Dan, Karen'ın hamileliği sırasında duygusal olarak Karen'a yakınlaşır. Karen önceleri reddetse de, Dan'e karşı koyamamaya başlar. Deb rehabilitasyon görmek için tekrar bir kliniğe yatar. Ayrıca Dan ile Karen'ın yakınlaştığını anlayınca ikisine de büyük nefret beslemeye başlar. Lucas'ın kalp problemi ciddi boyutlara ulaştığından artık basketbol oynaması annesi Karen ve Koç Durham tarafından yasaklanmıştır. Lucas da nehir kenarından arkadaşı Skills'i Durham'a tavsiye eder. Skills, takımda Lucas'ın pozisyonunda oynamaya başlar. Daha sonra Lucas sadece 15 dakika oynamak koşuluyla takıma tekrar döner ve Keith'in anısına onun zamanında giydiği 22 numarayı giyer.
Derek'in aslında Peyton'ı takip eden bir psikopat olduğu ortaya çıkar. Peyton'ı evinde kıstırarak ona tecavüz etmeye kalkar. Oraya yetişen Lucas ve o anda ortaya çıkar gerçek kardeşi Derek tarafından kurtarılır. Derek, siyahi bir babadan olan siyahi bir üvey kardeştir. Psikopat Derek, yaralı da olsa, bu olaydan kurtulur. Daha sonra yakalandığına dair Peyton'a bir telefon gelir. Brooke, internette Nick Chavez isimli biri ile görüşmeye başlar. Kendini Peyton olarak tanıtır. Ancak Nick, onun yeni İngilizce öğretmenidir ve ders sırasında bu durumun ortaya çıkmasıyla ikili artık gizli gizli görüşmeye başlar.
Nathan, eve para getirebilmek için sıkışır ve Dan'e para istemeye gider. Ancak Dan onu tersler. Nathan da Daunte ismindeki bahisçi bir adamdan para almak zorunda kalır. Ancak Daunte şike yapmasını ister. Lucas bunu öğrenir, önlemeye çalışır ancak Nathan'a arka çıkmaktan başka çaresi olmaz. Derek, Peyton'a tek başına yaşayabilmesi ve yaşadığı depresyonu atlatabilmesi için yardım eder. Bu sırada Koç Durham'a bir veda gecesi düzenlenir. Lucas oraya Brooke ile katılır, ancak artık ilişkileri bitmiştir. Bunu kabul eden Lucas durumu Peyton'a açar. Peyton da artık dayanamaz ve Lucas'a aşık olduğunu itiraf eder.
Kuzgunlar, Dan'in zamanından beri seneler sonra nihayet eyalet şampiyonluğu maçına çıkacaktır. Rakip Pontiac Lisesi'dir. Daunte'nin maçı kaybetmeleri isteği doğrultusunda Nathan bilerek kötü oynamaktadır. Dan de durumdan haberdardır. Bir yandan Daunte'yi kontrol etmektedir. Ponpon takımdaki Haley rahatsızlanır ve kızlar hastaneye giderler. Burada Haley bebeğin erkek olduğunu öğrenir. Bu sırada ilk yarıda yenik durumda olan takımda huzursuzluk hakimdir. Lucas ve Skills bahis olayını bilmektedir ve canla başla oynamaktadır. Koç Durham, takımı etkileyecek bir konuşma yapar, bu sırada Haley de Nathan'a oğulları olacağını söyler. Nathan bahisi ve Daunte'yi unutarak güzel oynamaya başlar. Takım Lucas'ın son saniye üçlüğü ile şampiyonluğa ulaşır. Daha sonra Peyton'a onu sevdiğini söyler. Daunte, olayın hıncı ile maçın gecesinde Nathan ve Haley'i sokakta yakalar, arabayı üstlerine sürer ve Haley'e çarpar. Daunte olay yerinde ölürken, Haley ağır yaralanmıştır. Nathan, Daunte'yi arabadan çıkararak dövmeye başlar ama öldürdüğünü sanır. Dan, polisler gelene kadar Daunte'nin ölümünü üstlenir. Ancak Daunte'nin ölümünün zaten kaza sırasında gerçekleştiği ortaya çıkar ve Dan serbest kalır. Bu sırada Lucas, Haley'in yanına gelir ve maçta kullanmadığı ilacı yüzünden kalp krizi geçirir. İkili hastaneye kaldırılır.
İyileşen Haley'in bacağı kırılmıştır. Lucas komadayken riyasında Keith'i görür ve Jimmy'nin kendisini öldürdüğü sırada okulda biri daha olduğunu hatırlamasını sağlar. Nathan, Haley'e olanları itiraf eder. Dan ile Karen arasındaki bağ giderek güçlenmektedir. Dan'e sürekli bilinmeyen biri tarafından Keith'i öldürdüğünü bildiğini belirten mesajlar gelir. Brooke, hep istediği modacı olma hayaline yaklaşır ancak matematikten kalmaktadır ve kopya çekmek için Haley'in öğretmenler odası anahtarını çalar. Sonuçta dersten geçer ancak birinin sınavı çaldığı anlaşılır. Rachel bunu üstlenir ve okuldan atılır. Bu sırada, Nathan da vicdan azabı çeker ve yaptığı şikeleri kamuoyuna açıklar. Haley, kopya olayı yüzünden öğretmenlik görevinden alınır, ve Nathan yüzünden de okul birincisi olmasına rağmen mezuniyet konuşması yapılmasına izin verilmez.
Lucas da, Keith'in kendisine verdiği mesajı takip etmektedir. Sonunda olayı gören bu kişinin Abby olduğunu anlar. Ancak Dan de kendisine gelen mesajların izini sürerek Abby'i öğrenir. Ona ilk önce Lucas ulaşır ama konuşamaz. Mezuniyet balosu yaklaşmaktadır. Brooke ve Peyton arasında gerginlik sürmektedir. Peyton baloya katılmamaya karar verir. Dan ve Karen baloya birlikte katılırlar. Lucas, hala annesinin Dan ile olma fikrine şiddetle karşıdır. Abby de Keith'i vuranın Dan olduğunu söyleyince ona olan nefreti kat kat artar. Bu sırada Psikopat Derek ortaya çıkar ve baloya aniden gitmeye karar veren Peyton'ı yine evinde kıstırır. Brooke da aralarını düzeltmek için eve geldiğinde onu da rehin alır. Sonra Derek'in bir boşluğundan yararlanan ikili, Derek'i etkisiz hale getirmeyi başarır. Derek hapishaneye kapatılır. Adının aslında Ian olduğu, Peyton'ı, ölümüne sebep olduğunu düşündüğü eski kız arkadaşına benzettiği, bu yüzden onu takıntı haline getirdiği ortaya çıkar.
Lucas, Dan ve Karen'ı evde öpüşürken yakalar. Annesine Dan'in Keith'i vurduğunu söyler ama Karen ona inanmaz. Lucas, Deb'in bir silahı olduğunu Haley'den öğrenir ve bunu evlerine gidip gizlice alır. Dan'in eve gelip Karen'ı gördüğü bir anda önce Abby'nin yaptığı gibi bilinmeyen numaradan mesaj atar ve Dan'in verdiği tepkiyi göstererek onun Keith'i öldürdüğünü annesine kanıtlar ve silahı çeker. Karen bu gerilime dayanamaz ve bayılır. Dan gider ve yaptığını polise itiraf eder, tutuklanarak cezaevine konur. Karen komaya girer ve bebeği düşürme olasılığı ortaya çıkar. Bebek ameliyatla alınır ancak Karen hala komadadır. Lucas'ın Lily Roe adında bir kızkardeşi olur.
Tüm bunlar olurken, mezuniyet töreni yapılır. Nathan, müdüre hatalarının Haley'nin ödememesi gerektiğini söyler ve mezuniyet konuşması yapmasını sağlar. Herkes diplomalarını alır, konuşma yaptığı sırada Haley sancılanır ve hastaneye kaldırılır. Bir erkek dünyaya getirir. Adına James Lucas Scott koyarlar. Bu sırada Karen da komadan çıkar ve iyileşmeye başlar. Daha sonra hapishaneye Dan ile yüzleşmeye gider ve tüm içindekileri döker. Vicdan azabı çeken Dan intihar etmeye kalkar ama bunu yapamaz.
Sezon finalinde, tüm soğukluklar artık bitmiştir. Brooke ve Peyton'ın arası düzelmiştir. Herkes üniversite hayatına başlayacaktır, dört sene sonra nehir kenarındaki sahada buluşmak üzere sözleşirler.